Program Naprawy zachowania składa się z trzech modułów:
Moduł I – wprowadzenie ucznia do programu. Na ten moduł składa się:
- zgłoszenie, dokonane przez pracownika szkoły, rodzica lub samego ucznia, oraz kwalifikacja ucznia do programu,
- rozmowa motywująca z uczniem i ustalenie z nim celów związanych ze zmianą jego zachowania,
- rozmowa z rodzicem na zaproszenie ucznia, której celem jest włączenie rodzica do pracy nad zmianą zachowania jego dziecka.
Moduł II – dzień ucznia w programie. Na ten moduł składają się:
- informacje zwrotne od nauczycieli na temat postępów w realizacji ustalonych celów zmiany zachowania ucznia w trakcie zajęć lekcyjnych,
- rozmowa podsumowująca dzień, której celem jest omówienie postępów ucznia w ciągu minionego dnia oraz w przypadku takiej potrzeby uczenie nowych umiejętności.
Moduł III – ewaluacja postępów. Na ten moduł składa się:
- raport postępów dziennych związanych z realizacją zakładanych celów,
- omówienie tygodniowe, którego celem jest zebranie informacji pozwalających podjąć decyzję o pozostawieniu ucznia w programie albo w jaki sposób zmodyfikować cele, by lepiej były dostoswane do aktualnych jego możliwości,
- podsumowanie kwartalne, które stanowi informację dla społeczności szkolnej o przebiegu i realizacji programu (liczba uczniów objętych programem, postępy uczniów, skuteczność oddziaływań, wpływ na atmosferę w szkole, wspólna refleksja nad tym, co się sprawdza, a co nie).
Podczas prowadzenia rozmów z uczniami nauczyciele korzystają z pytań sokratejskich i technik coachingowych. Zastosowanie tych technik umożliwia uczniom przyjmowanie odpowiedzialności za swoje postępowanie poprzez samodzielne poszukiwanie rozwiązań, analizowanie możliwych konsekwencji dokonywanych wyborów oraz ich doświadczanie. Działania podejmowane w programie służą również wzmacnianiu więzi między uczniem a nauczycielem, który poprzez częste z nim kontakty i rozmowy oraz akcentowaniu jego postępów, przyjmuje rolę mentora. Istotnym też elementem programu jest rozwijanie współpracy między dorosłymi (nauczyciele, rodzice) na rzecz wspierania pozytywnych zmian zachodzących w zachowaniu ucznia.