Proces wprowadzania Programu Nauki Zachowania do szkoły składa się z czterech etapów:
- szkolenia realizatorów, które prezentuje filozofię, założenia, przebieg programu i potrzebne do jego realizacji umiejętności. Szkolenie to jest prowadzone dla całych rad pedagogicznych lub dla grup zainteresowanych nauczycieli z różnych szkól. Trwa ono 10 godzin dydaktycznych dla wybranych nauczycieli ze szkół lub dla 60% nauczycieli danej szkoły i jest realizowane w postaci jednodniowego warsztatu.
- treningu nastawionego na rozwój umiejętności praktycznych przeznaczonego dla wybranych nauczycieli. Nauczyciele uczą się takich umiejętności jak: wzmacniania i rozwijania poczucia własnej wartości uczniów, prowadzenia rozmów motywujących do zmiany zachowania, przekazywania konstruktywnej informacji zwrotnej, wykorzystywania pytań motywujących (pytań sokratejskich), prowadzenia rozmów i zajęć edukacyjnych, których celem jest motywowanie i wspieranie rodziców uczniów objętych programem, budowania współpracy w gronie pedagogicznym. Czas trwania treningu 25-30 godzin dydaktycznych realizowanych w dwu-trzydniowym bloku warsztatowym.
- konsultacji dla realizatorów w trakcie realizacji programu w szkole. Konsultacje obejmują obserwacje działań nauczycieli, analizę przyjętych przez nich rozwiązań oraz wspólne opracowanie strategii postępowania. Czas przeznaczony na indywidulane konsultacje jest dostosowany do potrzeb szkoły.
- forum liderów – cykliczne spotkania szkoleniowe liderów programu, którzy koordynują i realizują program w szkołach. Spotkania te służą wymianie doświadczeń i rozwijaniu umiejętności (spotkanie w formie warsztatu trwa dwa dni).
W celu utrzymania jakości realizacji programu i wzajemnych kontaktów między realizatorami stworzono stronę internetową programu www.programnaukizachowania.pl, na której sa umieszczone materiały, informacje oraz filmy szkoleniowe.