Zapewnieniu dobrej jakości realizacji programu służą kursy szkoleniowe, materiały metodyczne wysoko recenzowane przez profesorów psychologii, systematycznie prowadzona ewaluacja procesu, superwizje.
Szkolenia koordynuje Fundacja Wychowawców i Młodzieży Prom. Trenerami są wyłącznie osoby, które posiadają odpowiednie kwalifikacje zawodowe oraz przygotowanie do prowadzenia szkoleń Trzech Kół poświadczone zaświadczeniem wydanym przez ww. Fundację.
Kurs szkoleniowy,dwuetapowy, trwa 25 godzin dydaktycznych. W jednej grupie uczestniczy 12-20 osób, grupy są jednorodne pod względem poziomu wieku klas nauczania (I-III, IV-VI i gimnazjum).
Treść I etapu kursu to główne idee i zasady prowadzenia programu oraz 10 scenariuszy wymienionych w opisie programu Trzy Koła. Zajęcia przedstawiające te scenariusze prowadzone są w konwencji treningu psychologicznego. Nie mówi się o szkole i uczniach, uwaga koncentruje sie na „tu i teraz”, uczestnicy doświadczają na sobie, jak działają formy zajęć ocieplające klimat, zbliżające do siebie ludzi, ujawniające kreatywność.
II etap kursu prowadzony jest po 3-4 miesiącach, gdy uczestnicy mają już doświadczenia z zastosowania poznanych na I etapie sposobów pracy. Treścią szkolenia jest to, jak radzić sobie z występującymi trudnościami, zapoznanie z szeregiem kolejnych, zwłaszcza trudniejszych scenariuszy, uczenie budowania planów dla własnych klas wg. modelu Trzech Kół na dalsze semestry. Dominującą formą w II etapie kursu są symulowane lekcje i mini wykłady, niektóre prowadzone przez uczestników.
Zeszyty metodyczne dla uczestników kursów zawierają: opis celów i idei przewodnich oraz wskazówki ogólne, scenariusze zajęć, gry edukacyjne i różne inne formy metodyczne, łącznie 100 propozycji.