Zapewnieniu dobrej jakości realizacji programu służą kursy szkoleniowe, materiały metodyczne wysoko recenzowane przez profesorów psychologii, systematycznie prowadzona ewaluacja procesu, superwizje.
Szkolenia koordynuje Fundacja IPZIN. Trenerami są wyłącznie osoby, które posiadają odpowiednie kwalifikacje zawodowe oraz odbyły specjalistyczne szkolenie teoretyczne i praktyczne do prowadzenia szkoleń Trzech Kół, pracują w systemie superwizji i stale podnoszą swoje kwalifikacje, co jest corocznie poświadczane certyfikatem wydanym przez ww. Fundację.
Kurs szkoleniowy, dwuetapowy, trwa 25 godzin dydaktycznych. W jednej grupie uczestniczy 12-20 osób, zalecane jest by grupy były jednorodne pod względem poziomu wieku klas nauczania (I-III, IV-VI i VII-VIII).
Treść I etapu kursu to główne idee i zasady prowadzenia programu oraz 10 scenariuszy wymienionych w opisie programu Trzy Koła. Zajęcia przedstawiające te scenariusze prowadzone są w konwencji treningu psychologicznego. Nie mówi się o szkole i uczniach, uwaga koncentruje sie na „tu i teraz”, uczestnicy doświadczają na sobie, jak działają formy zajęć ocieplające klimat, zbliżające do siebie ludzi, ujawniające kreatywność.
Treść I etapu to również zapoznanie z szeregiem kolejnych, zwłaszcza trudniejszych scenariuszy, uczenie budowania planów dla własnych klas wg. modelu Trzech Kół na dalsze semestry. Dominującą formą w II etapie kursu są symulowane lekcje i mini wykłady, niektóre prowadzone przez uczestników.
II etap kursu prowadzony jest po 3-4 miesiącach, gdy uczestnicy mają już doświadczenia z zastosowania poznanych na I etapie sposobów pracy. Treścią szkolenia jest to, jak radzić sobie z występującymi trudnościami, stanowi też okazję do wymiany doświadczeń i dobrych praktyk
Zeszyty metodyczne dla uczestników kursów zawierają: opis celów i idei przewodnich oraz wskazówki ogólne, scenariusze zajęć, gry edukacyjne i różne inne formy metodyczne, łącznie 100 propozycji.